در ۲۵ آذر ۱۳۹۹ شورای‌عالی انقلاب فرهنگی به‌منظور ساماندهی امور مرتبط با تعلیم و تربیت دورهٔ کودکی، تصویب کرد که تمامی امور مربوط به مهدهای کودک و سایر مراکز نگهداری کودکان اعم از صدور مجوز، برنامه‌ریزی، هدایت و نظارت، تقویت استانداردها و ارزیابی به وزارت آموزش و پرورش محول شود و نهادی وابسته به وزارت آموزش و پرورش برای عهده‌دار شدن یکپارچهٔ امور مرتبط با تعلیم و تربیت کودک تشکیل شود. بر این اساس در ۷ بهمن ۱۳۹۹، اساسنامه «سازمان ملی تعلیم و تربیت کودک» به تصویب شورای‌عالی انقلاب فرهنگی رسید و ۲۶ اسفند ۱۳۹۹ برای اجرا ابلاغ شد. در ۱۳ مرداد ۱۴۰۰، این سازمان طی مراسمی با حضور وزیر آموزش و پرورش رسماً آغاز به‌کار کرد. پیش از تأسیس سازمان، مهدهای کودک زیر نظر سازمان بهزیستی کشور و مراکز پیش‌دبستانی زیر نظر آموزش و پرورش فعالیت می‌کردند که در سال ۱۴۰۰، با تشکیل کمیته انتقال در ستاد کشوری و کارگروه‌های انتقال استانی، امور مهدهای کودک از بهزیستی به آموزش و پرورش منتقل شد و هم‌زمان با این انتقال، عنوان مهدکودک به کودکستان تغییر پیدا کرد.